綜合考慮有機肥的來源、性質、制造方式和未來發展等方面，有機肥可以被簡單劃分為農家肥、秸稈、綠肥商品有機肥等幾大類。此外，草炭、城市污泥等也是重要的有機肥源?？梢?，有機肥料的來源廣、數量大。我國地域遼闊，人口眾多，有著豐富的有機肥料資源?？梢哉f哪里有農業、畜牧業，哪里就有生物有機肥源，并且隨著農業的發展，有機肥資源越豐富。

1.農家肥：是農民自積自用的有機肥，主要包括人畜糞尿、廄肥、餅粕、堆肥和漚肥等。這類肥料一般分布廣而散，較適合分散條件下的種植戶。

2.綠肥：幾千年來，利用綠肥是我國種植業的基本經驗之一，也是我國農業土壤歷經數千年依然保持穩產、高產的重要措施。當前，人們對農產品質量的要求越來越高，而綠肥對生態以及設計品種資源、種植利用方式等，根據過去肥料分類，綠肥并不作為有機肥，但無論是刈割后異地翻壓或覆蓋、就地壓青或覆蓋還是根茬利用，綠肥的主要作用都與有機肥相同或類似。
3.秸稈：是用來還田或覆蓋的作物殘體，主要包括麥秸、稻草、豆秸和玉米秸等。未來種植業必須大理發展秸稈利用這一方向，通過充分利用秸稈資源，達到養分和能源物質循環利用的目的，從而保持和提高土壤肥力。
4.商品有機肥：也就是人們常說的莖枝有機肥料，是指以富含有機質的副產品資源如畜禽糞便、動植物殘體、城市垃圾等為主要原料，經發酵腐熟后制成的肥料。此類肥料已經發布了農業行業標準。